Jornadas académicas preparatorias GDF

Este blog esa dedicado a la discusión de el curso de bioquímica

Sesión del 17 de marzo

TALLER DE PROBLEMAS
Trabajamos nuevamente sobre problemas donde calculamos los parámetros cinéticos de actividades enzimáticas. Los calculamos mediante regresión linear de las gráficas de Lineweaver-Burk y alternamente con la rutina Solver de Excel.

PUNTO EXTRA SOBRE EXAMEN PARCIAL 2
Para los que trabajan en "puente" y revisan este blog.

Tendrán un punto sobre el examen parcial 2:

Todos los que entreguen correctamente resueltos los problemas de cinética enzimática que estan en el folder de "taller de problemas".

Se evaluará con los siguientes criterios:
1.- Graficas de valores experimentales y estimados [s] vs Vo, correctamente elaborados.
2.- Gráficas de Lineweaber-Burk, correctamente elaboradas.
3.- Parámetros cineticos calculados por regresión y solver, correctamente calculados.
4.- Conclusión de que tipo de inhibición se trata usando los parámetroscalculados con solver.
5.- Conclusión de que tipo de inhibición se trata usando los parámetros calculados con la regresión lineal ("Linea de tendencia"), correctamente calculados.
6.- Argumentación de cada conclusión, correctamente fundamentados.
Además a los primeros 5 que incluyan un problema parecido pero con la enzima de su proyecto tendrán un bono de 0.5 puntos más.
(Con los mismos 6 criterios anteriormente descritos. No olvide que debe utilizar un sustrato y un inhibidor).

Enlace del curso: Documentos del curso / Taller de problemas

Sesión del día 15 de marzo

CLASE
Pido una gran disculpa por mi ausencia de este día a la clase.
Tuve un contratiempo mecanico que me impidió presentarme.
La clase perdida la repondré el jueves 23 de marzo a las 7:00 a.m.
La sesión será en la salas de computo. El tema será taller de problemas de cinética enzimática.
La sala de computo esta por definirse.

Los estudiantes que no puedan asistir a esta sesión por favor envienme su propuesta por este medio. Después del consenso. Les repondré la sesión perdida en una segunda sesión (La primera sesión como ya arriba se mencionó sera el jueves 23 de marzo)

Sesión del 10 de marzo

CLASE
En esta clase retomamos la glucolisis para repasar las estrategias generales de la vía metabolica en tres aspectos importantes:
1. Utilización y generación de energía
2. Formación de compuestos de alta energía
3. Transformación de las moleculas poniendo atención en los grupos funcionales.

Después de este repaso abordamos la importancia de la regulación metabólica y los mecanismos que afectan el flujo metabólico en la vía.

TALLER DE LECTURA
Para el próximo miércoles discutiremos el tema de el flujo metabólico usando como pivote temático el efecto Pasteur.

Sesion del 7 de marzo

Examen
El examen a casa constó de 10 preguntas abiertas de las cuales se valorará los argumentos utilizados para contestar cada pregunta. Los criterio de evaluación incluyen los siguientes puntos:
1. Pertinencia (Si vienen ó no al caso)
2. Fundamento (Se verifique que los argumentos esten fundamentados en información consistente)
3. Idoneidad (Se verifica que dicho argumento es el que mejor explique la respuesta dada. Comparada con otras que tal vez lo expliquen)
4. Conclusión (Se valorará si la suma de argumentos convergen y dan una respuesta satisfactoria a la pregunta.

Los resultados de dicho examen se encontrarán disponibles a más tardar el próximo miércoles 14 de marzo.

Sesión del 3 de marzo de 2006

TALLER DE PROBLEMAS
Resolvimos un problema técnico referente a com acceder al blog de la materia. En esencia esto no es un problema de bioquímica pero ya resuelto este problema podremos comunicarnos mejor y podré asesorarlos en los problemas de cinética por este medio. Recuerden que deben estar resolviendo los problemas de cinética que contiene la hoja de calculo que usamos en el taller pasado.

CLASE
En esta clase analizamos paso por paso las diez reacciones que integran la ruta de la glucolisis. Pusimos enfasis en los siguientes puntos. 1ro.- La naturaleza química de cada metabolito partiendo de la glucosa hasta el piruvato. 2do.- Analizamos el tipo de cambios que sufren los principales grupos funcionales. 3ro.- El consumo ó generación de Enegía (ATPs) ó poder reductor (NADH+H+). 4to.- Si la reacción catalizada es favorecida ó no energéticamente y 5to.- Algunos mecanismos de acción de las reacciones catalizadas enzimáticamente.

PROYECTO
Cada estudiante debe tener el siguiente avance de proyecto:
1 Enzima elegida
2 Secuencia de aminoacidos analizada (No. de a.a., regiones hidrófobicas)
3 Estructuras secundarias terciaria y/o cuaternaria
4 Reacción catalizada y ruta metabólica a la que pertenece
5 Parámetros cinéticos de la enzima, cinéticas modeladas a partir de datos experimentales tanto con un sustrato como con un inhibidor.

Un aviso muy importante es que por la naturaleza del proyecto los equipos pueden tener hasta 4 integrantes. Pensando que el trabajo se puede dividir y aligerar la carga.

Sesión del 1 de marzo

CLASE

En esta clase terminamos con el tema de las enzimas hablando de el tipo de modificaciónes estructurales que la enzima sufre en el mecanismo de regulación de su actividad enzimática. Hablamos de como mediante enlaces covalentes a la enzima se le unen moléculas como grupos fosfatos, ribosas, metilos, uridinas y otros grupos funcionales. Hablamos de como estos grupos funcionales imponen cambios conformacionales a la enzima modificando su actividad, ya sea incrementando ó disminuyendo la velocidad de reacción que catalizan. Hablamos de que el sitio en que estos grupos funcionales se pegan son regiones específicas con una vencidad de aminoácidos determinada. Esta secuencia semiconservada se conoce como secuencia consenso.

En la introducción al nuevo tema hablamos de como la glucosa es un sustrato sustrato general y los derroteros metabólicos que tiene, como se puede almacenar como glucogeno ó metabolizar por la vía glucolítica ó por la via de las pentosas. Terminamos mostrando una visión globla de las 10 reacciónes de la glcólisis y la estrategía general de la vía.

EXAMEN
Se decidió pasar el examen del viernes 3 de marzo al miércoles 8 de marzo. Los temas que abarca son desde el inicio del curso hasta la regulación de la actividad enzimática mediante la unión de grupos funcionales por enlaces covalentes.

CONTROLES DE LECTURA
La opción para hacer el control de lectura de metabolismo de carbohidratos (Cap. 8) estará disponible el día 2 de marzo para su termínación. La clave de entrada es notemaztecatzin55.

PROYECTO

Sesión de 22 de febrero de 2006

TALLER DE PROBLEMAS
En la sesión de resolución de problemas de cinética enzimática asistidos por computadora aprendimos como encontrar el valor de los parámetros a partir de los datos experimentales. Aprendimos a utilizar las gráficas de Line-Weaberburk para dicho propócito. De maner alterna utilizando el modelo de Michaelis-Menten aprendimos a ajustar los datos con la herramiento de excel llamada "Solver".

CLASE
Mediante las gráficas de Line-Weaberburk se puede determinar el tipo de inhibición que sufre una enzima sí antes tenemos los datos experimentales de la cinética sin inhibidor. En esta sesión se explicó como identificar dichas inhibiciones y el concepto general de inhibición enzimática.

Sesión del 24 de febrero

CLASE
Experiencia de catedra:
Revisamos el concepto de inhibición. Distinguimos los tipos de inhibición como reversibles e irreversibles. Clasificamós a los inhibidores como competitivos, acompetitivos y no competitivos, revisamos sus expresiones cinéticas y la manera de indentificarlas a través del análisis de sus datos experimentales mediante las gráficas de Line-Weaberburk.

TALLER DE LECTURA
Siguen abiertos los dos foros de discusión a cerca de los artículos de TES y la proteólisis.

TALLER DE PROBLEMAS
Se resolvieron problemas de ajuste de parámétros cinéticos usando el modelo de Michaelis-Menten y las gráficas de Line-Weaberburk.
Se utilizó la herramienta de excel llamada solver para ajustar los datos experimentales y obtener parámetros cinéticos que ajustan mejor los datos experimentales.

CONTROLES DE LECTURA
Ya se encuentra disponible el control de lectura de el capítulo referente a el metabolismo de los carbohidratos

EXAMENES
El mini-examen de enzimas queda anulado y las preguntas conceptuales irán integradas al examen parcial del próximo 3 de marzo.

ASESORIAS:
A partir de esta fecha estará abierta la aula virtual de blackboard de 5:00 a 6:00 de lunes a viernes. (Es necesario concertar cita)

EXPOSICIONES
Proxima exposición 31 de marzo y 5 de abril. Es importante discutir el nivel de su exposición, En la exposición se deben integrar los conocimientos y habilidades desarrolladas en el curso.

CALENDARIO
1 de marzo: 1a Clase de metabolismo de carbohidratos y control de lectura No. 5
3 de marzo: Examen parcial I
8 de marzo: 2a Clase de metabolismo de carbohidratos
10 de marzo: 3a Clase de metabolismo de carbohidratos

Sesión del 22 de febrero

CLASE
Experiencia de catedra: Cofactores, coenzimas y grupos prostéticos.

Se explicó en clase que una diversidad de enzimas necesitan además de los residuos de aminoácidos en el sitio activo un ó varias moléculas no-proteícas para llevar acabo la catálisis. Dichas moléculas pueden ser metales ó compuestos orgánicos los cuales facilitan de manera general el ataque nuclofílico ó electrofílico del sustrato ó su facilitan su oxidación ó reducción. Mencionamos que los cofactores son iones metálicos y que las coenzimas son compuestos orgánicos que suelen unirse y disociarse dependiendo del mecanismo de la reacción catalizada. Los grupos prostéticos son compuestos orgánicos que se encuentran permanentemente en la enzima activa y que en muchos casos se encuentran unidos covalentemente a la enzima.

TALLER DE LECTURA
Se recordó que la evalución de esta actividad dependerá de su intervención en el foro de discución que se encuentra en Blackboard. Dicha intervención se evaluará dependiendo de su idoneidad, pertinencia y fundamento en los textos leidos ó en otros textos consultados. Los argumentos y las replicas tendrán puntos extras.

TALLER DE PROBLEMAS
Es necesario resolver los problemas de los capitulos anteriores y apuntar sus dudas para la proxima sesión de problemas.

CONTROLES DE LECTURA
Para recuperar controles de lectura es necesario pedir una clave e indicar cúando y cual control de lectura se desea recuperar. Nota importante: No se puede mejorar la calificación de un control de lectura que no se ha realizado.

MINI-EXAMEN
La calificación del miniexamen 4 ya se puede consultar

PROYECTO
Cada estudiante debe tener el siguiente avance de proyecto:
1 Enzima elegida
2 Secuencia de aminoacidos analizada (No. de a.a., regiones hidrófobicas)
3 Estructuras secundarias terciaria y/o cuaternaria
4 Reacción catalizada y ruta metabólica a la que pertenece

Sesión del 17 de febrero

17/02/06
En la clase pasada hablamos de la importancia de los modelos cinéticos para entender el comportamiento de una enzima frente a uno de sus sustratos posibles. Establecimos que el Modelo cinético de Michaelis-Menten es una herramienta valida que explica satisfactoriamente el comportamiento de la mayoria de las enzimas conocidas. Nos dimos cuenta que el modelo de Michaelis-Menten corresponde matemáticamente a una hiperbola y encontramos que la ecuación reciproca es útil para definir los parámetros cinéticos a partir de los datos experimentales. La ecuación reciproca se conoce como la ecuación de Lineweaver-Burk.

En la próxima clase hablaremos de las distintas condiciones en que una enzima se inhibe y como podemos usar las graficas de Lineweaver-burk para determinar el tipo de inhibidor del que se trata.